平成7年1月17日、阪神淡路大震災が発生し、都市に未曾有の被害を与えました。公社も全力で市に協力し、応急仮設住宅建設・撤去、仮設賃貸工場建設・管理・撤去，学校災害建替、河川復旧等々、多くの震災復興関連事業に取り組んできました。

平成8年度には、神戸都市振興株式会社の解散に伴い、その業務の大半を当公社で引き継ぎ、現在に至っています。また平成8年からウエステ垂水西館、平成11年からウエステ垂水東館、そして、平成12年からレバンテ垂水１番館の管理運営をおこなっています。また、平成13年には舞子駅前市街地再開発ビルティオ舞子の管理運営も開始しました。

また、平成9年12月に全国ではじめて神戸市定借バンクを開設したほか、浜山地区受皿住宅建設、神戸国際会館建設技術支援等も行っています。

平成10年には、北野工房のまちの施設整備を行い、7月から管理運営を行っています。

平成11年には、北消防署建設、くつのまちながた等を建設しています。また平成11年10月からは震災復興市街地再開発事業のウェルブ六甲5番街2番館の管理を開始し、その後六甲道駅南地区に建設させた対象の再開発ビルの管理業務を行っています。

平成12年4月に神戸市下水道公社の事業を継承し、幅広い都市基盤整備を行うこととしました。摩耶ケーブル・ロープウェーの復旧工事に着手し、平成13年3月に「まやビューライン夢散歩」として再開しました。

平成13年6月に外国・外資系企業をテナントとする神戸国際ビジネスセンター（KIBC）が完成し、7月からオープンしました。市の医療産業都市構想とも連携しながら、公社は、国際都市神戸のビジネスチャンスを創造し支援していきます。

明石海峡大橋工事見学用施設としてオープンした舞子タワーが、当初の目的を果たし、3月末で運行終了が決定し、6月に撤去しました。また同月、神戸国際ビジネスセンター（KIBC）Ⅱ期棟工事が完成し、全館開業となりました。ベンチャー企業の育成・支援を目的とした神戸インキュベーションオフィス（KIO）も11月に開業し、ポーアイⅡ期の中核施設として、公社が運営を担当しています。

平成15年7月には、当初5年間の暫定施設としてスタートした北野工房のまちが、本設化工事完了後リニューアルオープンしました。当施設は市民はもとより広く全国的に観光施設として定着してきており、引き続き管理運営を行っています。

長年みなさんに親しまれてきた六甲有馬ロープウェー表六甲線は平成16年12月に運行を休止しましたが、山上循環バスと接続することにより利便性を向上、六甲山頂駅及び有馬温泉駅はユニバーサルデザインをとりいれ再整備しました。また、平成16年10月には総務部門が、平成17年10月には駐車場部門が神戸市住宅供給公社と統合しました。

平成17年は、垂水消防署新庁舎建設工事等に着手し、平成19年4月に開署しました。また厳しい経営状況が続くロープウェー・ケーブル事業は、ロープウェー事業あり方検討委員会を設置し、検討を重ねた結果が平成18年3月に報告書としてまとめられました。

平成18年4月より新神戸ロープウェーは、民間事業者による運営が開始されました。また、市営住宅等管理業務は、管理代行・指定管理者制度による運営を開始しました。

平成19年1月に技術部門を統合し、平成16年から進めてきた神戸市住宅供給公社との実体的な統合が完了しました。
また、平成19年3月には3公社一体の中期経営計画を策定しました。この中で、活動指標と財務目標を定め、取り組んでいるところであります。